Текущее руководство деятельностью МБОУ «Школа-гимназия №39 им. Крейзера Я.Г.» г. Симферополя осуществляет директор, назначаемый на должность главой Администрации города Симферополя Республики Крым в порядке, установленном действующим законодательством Российской Федерации и Республики Крым.
Коллегиальные органы управления в ОУ:
Общее собрание Образовательного учреждения;
Педагогический совет Образовательного учреждения;
Управляющий совет Образовательного учреждения;
Попечительский совет.
Локальные акты:
Структурные подразделения отсутствуют. Филиалы отсутствуют.